全基因组测序有益于监测胃肠炎后的细菌

一项针对英国肠胃炎主要原因的最新研究表明，全基因组测序可如何改善其对疾病的监测和控制。

在英国，每年约有80,000例腹泻性产气荚膜梭菌细菌是由食物中毒或非食源性医院引起的。大多数情况下，症状令人不愉快，但通常会在24小时内消失。但是，在极少数情况下，产气荚膜梭菌感染会发展成更严重的形式。对于生活在养老院中的老年人等弱势群体，可能会出现更持久的使人衰弱的慢性感染，在极少数情况下可能致命。

为了帮助解决这个问题，我们需要有关这些细菌如何传播和感染人的更多信息。Quadram研究所的研究人员与英国公共卫生部门合作，分析了英格兰和威尔士7年期间产气荚膜梭菌的食源性和非食源性暴发。他们与剑桥大学的同事合作，使用全基因组测序对与引起人类胃肠炎有关的细菌菌株进行了详细分析。

在2011年至2017年之间，从英格兰和威尔士疑似引起感染的疾病病例或食品中分离出109个产气荚膜梭状芽胞杆菌样品的全基因组序列。这样就可以分析造成毒素产生的现有基因，以及有助于感染的相关特征，例如抗菌素耐药性。重要的是，对不同基因组的比较分析使研究人员能够了解不同菌株之间的相关性，这是追踪它们可能来自何处的关键方法。

该小组在《微生物基因组学》杂志上发表的论文发现，在五年内，英格兰东北部与护理院相关的9次不同暴发是由产气荚膜梭菌密切相关的

菌株引起的 。这表明可能存在将它们链接在一起的潜在来源，尽管在事件发生后无法查明确切的来源。

使用全基因组测序进行常规监测，尤其是在诸如弱势人群需要保护之类的护理之家中，对于防止将来爆发疫情并迅速查明污染源至关重要。

除了监视爆发外，更广泛的监视可以提供来自各种来源的重要数据，这将有助于研究人员更多地了解细菌，细菌如何生存以及为什么导致疾病。

Lindsay博士说：“这是一项令人兴奋的研究，突出了Quadram研究所等学术机构与英格兰公共卫生部等公共卫生机构之间的合作实力，以及如何使用前沿方法来识别和追踪与食物中毒相关的重要细菌。” Quadram研究所的大厅。

“我们希望利用所产生的信息来识别可能与爆发有关的产气荚膜梭状芽胞杆菌菌株，以便我们将来能够制定干预策略，以尝试防止传播。”

研究人员得到了生物技术和生物科学研究委员会，惠康基金会和食品标准局的资助。

这项研究获得的数据表明，编码导致胃肠炎的关键毒素的基因不仅限于细菌染色体，还可以携带在可在细菌周围转移的毒性质粒上。

进一步的数据将提供有关毒力因子如何传播的更多知识，并将有助于确定持久性细菌的库。这将有助于改善干预策略和预防疾病爆发和感染的方法，并最终保护脆弱的社区。

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