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高密度脂蛋白在生理上起着将肝外组织的胆固醇运送到肝脏的运载工具的作用因而可以防止游离胆固醇在肝外组织细胞上的沉积。高密度脂蛋白胆固醇对冠心病的临床诊断是一个重要的参考指标。它的升高是临床冠心病保护因子之一，并能防治和延缓动脉粥样硬化的发展。

血清高密度脂蛋白胆固醇的降低，预示着冠心病的出现。临床上常同时测定高密度脂蛋白和血清总胆固醇，并根据它们的比值作为冠心病的信息指标。