新方法可以更好地理解基因增强子的工作

RIKEN综合医学科学中心和分子生物学FIRC研究中心(IFOM)的科学家与京都大学，卡罗林斯卡研究所和DNAFORM的合作者一起，开发了一种新技术NET-CAGE来阐明一种类型的结构基因组的非编码部分称为增强子，其功能是激活特定基因。基因组的这些部分曾经被认为是不重要的，被称为“垃圾DNA”，现在已知与多种疾病有关，了解其功能已成为基因组研究的重要目标。

现在已知有两种类型的基因组区域，称为启动子和增强子，它们主要通过开启来协调蛋白质编码基因的激活。启动子位于它们激活的基因旁边，而增强子位于很远的地方，但是它们也以某种方式作用于基因。已经开发了多种技术来尝试绘制增强子的图谱，但是它们都具有局限性，要么缺乏识别的敏感性，要么无法精确定位区域的位置，要么不适用于冷冻细胞。

为了克服这些局限性，研究人员开发了一种称为NET-CAGE的方法，该方法是RIKEN开发的CAGE技术的扩展，用于以高灵敏度识别基因组的非编码区，并用于检查五种常见的癌症类型细胞系。他们很高兴发现该方法可用于冷冻保存的细胞。

使用新方法，研究人员在增强剂方面取得了一系列有趣的发现。首先，他们确定了多达20,000种新的人类增强剂。他们发现，虽然启动子在多种细胞类型中均被激活，但增强子往往仅在一种细胞类型中起作用，因此显示出两种类型区域之间的重要区别。他们还发现了两种类型区域之间的有趣联系，表明它们根据其细胞类型特异性在拓扑结构上相互联系。此外，他们还以高核苷酸分辨率在称为“超级增强剂”的簇区域内精确定位了活性增强剂的确切位置。

RIKEN IMS的研究小组负责人RIKEN IMS的Yasuhiro Murakawa说道：“我们发现增强子在产生特定于细胞类型的转录组中起着至关重要的作用。这项研究开发的新方法可用于研究从生物学的许多方面来看，从长远来看，该方法可以应用于下一代基因组医学。”

他继续说：“使用这项技术，我们正在绘制增强剂在人体内激活的综合图。通过将知识与有关疾病和癌症基因组学数据的突变数据相结合，我们希望加深对癌症发生机理的理解。疾病“。

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